Papildus kaitīgajām vielām notekūdeņos ir neskaitāmas baktērijas un vīrusi. Tāpēc hlora dezinfekciju plaši izmanto, lai iznīcinātu baktērijas un vīrusus ūdenī krāna ūdens un notekūdeņu attīrīšanas iekārtu notekūdeņu posmā.
Rūpnieciskā cirkulējošā dzesēšanas ūdens apstrādē hloru izmanto arī aļģu sterilizēšanai un noņemšanai. Dzesēšanas ūdens cirkulācijas procesā, daļai ūdens iztvaikojot, ūdenī koncentrējas barības vielas, un baktērijas un citi mikroorganismi vairosies lielos daudzumos un viegli veidos gļotu netīrumus. Pārāk daudz gļotu netīrumu novedīs pie cauruļu aizsprostošanās un korozijas.
Hlorēšana parasti ietver hlora injicēšanu ūdenī, lai iznīcinātu baktērijas un citus mikroorganismus, parasti hlora pudelēs.
Lai saglabātu baktericīdo iedarbību, hlora atlikums vienmēr jāuztur {{0}},5 ~ 1mg/L izvadītajā ūdenī un ūdens apgādes tīkla galā pie 0 0,05 ~ 0,1 mg/l.