Nātrija hipohlorīta dezinfekcijas princips galvenokārt ietver trīs aspektus:
Hipohlorskābe veidojas hidrolīzes ceļā, un hipohlorskābe tālāk sadalās, veidojot jaunu ekoloģisko skābekli. Jaunā ekoloģiskā skābekļa spēcīgā oksidējošā īpašība denaturē tādas vielas kā olbaltumvielas uz baktērijām un vīrusiem, tādējādi iznīcinot patogēnos mikroorganismus.
Hipohlorskābe var iekļūt baktērijās (vīrusos) un reaģēt ar organiskiem polimēriem, piemēram, baktēriju (vīrusu) proteīniem, nukleīnskābēm un fermentiem, tādējādi iznīcinot patogēnos mikroorganismus.
Hipohlorskābes radītie hlorīda joni var būtiski mainīt baktēriju un vīrusu osmotisko spiedienu, izraisot to šūnu aktivitātes zaudēšanu un bojāeju.